Cell封面 | David Liu再取一新突破：不需要做实验，就能知道基因编辑的结果

尽管核子苷酸出版人器被广泛主要用途前提点凋亡，但是暂时核子苷酸出版人结果的各种因素尚能不十分清楚。

2020年7年初23日，佩里研究者所David R. Liu的团队在Cell 该软件刊载文中“Determinants of Base Editing Outcomes from Target Library Analysis and Machine Learning”的研究者研究成果，该研究者在爬行动物细胞膜里面38,538个线粒体整合化学合成上表征了11个赖氨酸和腺嘌呤核子苷酸出版人器（CBE和ABE）的序列-活性关系，并可用得来结果坚实训练了BE-Hive，这是一种数据分析模型，可直观得出核子苷酸出版人表征结果（R ≈0.9）和工作效率（R≈0.7）。

研究者执法人员以≥90％的直观度不对了3388个与疾病相关的SNV，其里面最主要675个变异，其“很多人”核子苷酸被BE-Hive正确得出，因此不会出版人。该研究者推断出了以前不会得出的C-to-G或C-to-A出版人的暂时各种因素，并借助于这些推断出以≥90％的直观性不对了174个狂犬病性SNV的编码序列。终于，该研究者借助于BE-Hive的深知来所设计精致的CBE变躯，以缓冲出版人结果。这些推断出启蒙了核子苷酸出版人，意味着了以前容易处理的前提的出版人，并为新坚实出版人器提供者了简化的出版人新功能。

另外，2020年7年初8日，佩里研究者所David R. Liu及华盛顿大学医学院Joseph D. Mougous一同点对点在Nature 该软件刊载文中“A bacterial cytidine deaminase toxin enables CRISPR-free mitochondrial base editing”的研究者研究成果，该研究者所述了一种酵母菌除此以外蛇毒，将其起名为DddA，它可以甲醇dsDNA里面胞苷的脱氨。该研究者所设计了无毒且无活性的split-DddA半分子：DddA划分的一部分残基（mRNA激活子的集现象子一组酶）和尿嘧啶脂类酶抑制剂的融合，激发了无RNA的DddA引申的赖氨酸核子苷酸出版人器（DdCBE），可甲醇人mtDNA里面的C?G到T?A转化，兼具很极低化学合成软性和商品纯度。该研究者可用DdCBEs建模生物细胞膜里面与疾病相关的mtDNA凋亡，从而随之而来呼吸速率和氧化磷酸化的改变。不含CRISPR的DdCBE可以准确驾驭mtDNA，而不是消除因被载体核子酸酶整块而激发的mtDNA原件，这对线粒躯疾病的研究者和潜在外科手术兼具广泛的本质。

2020年6年初29日，佩里研究者所David Liu在Nature Biotechnology 该软件刊载文中“Programmable m6A modification of cellular RNAs with a Cas13-directed methyltransferase”的研究者研究成果，该研究者说明了兼具截短的METTL3氨基转回酶残基或者是METTL3：METTL14氨基转回酶复合物与核子定位dCas13融合躯，可以对细胞膜质RNA进行软性m6A掺杂，而前者的融合酶脱靶活性特别极低。串连多个底物的独立细胞膜定量证实，这种载体RNA氨基化（TRM）系统对以很极低软性细胞内了有效的m6A装设在内源RNAmRNA物里面。终于，该研究者表明TRM可以诱导m6A细胞内的mRNA本轻元素变化和软性剪接。这些推断出将TRM过渡到为主要用途载体mRNA组工程的工具，可以了解到单个m6A修饰的作用并比对其新功能作用。

2020年6年初22日，佩里研究者所David Liu的团队在Nature Biotechnology 该软件刊载文中“Genome editing with CRISPR–Cas nucleases, base editors, transposases and prime editors”的综述文章，该综述首先所述已表征的Cas9和Cas12核子酸酶的天然表征躯，并具体介绍兼具扩大的载体全域和软性的Cas9和Cas12核子酸酶表征躯的联合开发。接下来，该综述咨询核子苷酸出版人器的联合开发和运用，这些出版人器可准确装设点凋亡而必需要双螺旋DNA断裂（DSB）或供躯DNA实例。终于，该综述总结了新兴的CRISPR–Cas线粒体出版人工具，最主要细胞内大片段DNA重排的Cas转座子和重组酶，以及主要出版人器，它们以取代早期DNA序列的模式直接将出版人后的序列加载前提DNA底物。

线粒体DNA里面载体核子苷酸的出版人是研究者和外科手术运用的一项最重要新功能。单核子苷酸变躯（SNV）约占已知病毒性变异的一半，因此有短时间内的点凋亡可以作出贡献遗传病的研究者或潜在外科手术。以前，研究者执法人员联合开发了赖氨酸核子苷酸出版人器（CBE）和腺嘌呤核子苷酸出版人器（ABE），它们一同意味着了所有四个过渡点凋亡的载体（C→T，T→C，A→G ，以及G→A），并兼具较很极低的盼望取代率与不盼望的插入和缺失（indels）%-。

核子苷酸出版人的优点启蒙了兼具有所不同表征的核子苷酸出版人器变躯的联合开发。迄今为止，通过比对少量线粒体底物的出版人结果来得来这些表征，通常选择这些底物与原先的线粒体出版人研究者相一致。但是，核子苷酸出版人器和前提序列之除此以外的相互作用会以繁复的，有时是不直观的模式受到影响出版人结果。结果，得到兼具所需要工作效率的所需要表征通常需要要对每个化学合成进行核子苷酸出版人和单一行RNA（sgRNA）选择的经验冗余。

某些不适合主要用途核子苷酸出版人的规约准则的行不通前提会被忽略，因为主要用途前提选择的简单准则不会仅仅捕获核子苷酸出版人的全域。对核子苷酸出版人的序列和脱氨酶暂时各种因素进行系统对，全盘的比对将大幅提很极低我们对核子苷酸出版人器的忽略，作出贡献它们在准确出版人运用程序里面的可用，并范本新核子苷酸出版人器的联合开发。

文章模式平面图（平面图源自Cell ）

在这项研究者里面，研究者执法人员联合开发了包涵38,538对sgRNA和靶序列对的文库，并将它们整合到三种爬行动物细胞膜类别的线粒体里面，以全盘表征8种风行CBE和ABE的核子苷酸出版人结果和序列-活性关系。研究者执法人员比对了脱氨酶，序列背景和细胞膜类别在确定核子苷酸出版人激发的表征里面的作用，并联合开发了一种数据分析模型，可以在任何前提右边直观得出核子苷酸出版人结果，最主要许多以前必定得出的特征。

借助于得来信息，研究者执法人员运用了各种核子苷酸出版人器（最主要新近所设计的变躯），将3388个与疾病相关的SNV的表征和2399个编码序列直观地校正为野生型（≥90％的精度），最主要通过非规约的核子苷酸出版人结果。这些推断出极大扩张了我们对核子苷酸出版人的忽略，并了解到了新和原先所述的核子苷酸出版人器的联合开发人员。

早期典故：

Andrew V. Anzalone, Luke W. Koblan & David R. Liu, et.al. Genome editing with CRISPR–Cas nucleases, base editors, transposases and prime editors. Nature Biotechnology volume 38, pages824–844(2020)